В этот раз будет показано становление человеческого сопротивления во главе с молодым Майклом Морфиусом. Нео - главный герои всей серии фильмов, избранный по пророчеству для освобождения человечества от оков рабства " Матрицы" - возвращается и он совершит временное путешествие через активные коды, чтобы помочь молодому Морфиусу и его бойцам не совершать роковых ошибок прошлого.

Агент Смит, Браун и Джон, разгадывают активный код и знают о прибытии нежеланного гостя из будущей проекции. Нео в свою очередь попытается стереть вирус в виде агентов, чтобы в будущей проекции они не создавали проблем сопротивлению.