Главгерой Капрал Бауэр приходит в сознание и обнаруживает себя на борту космического корабля. Он теряет память и не может вспомнить о том, кто он такой, и как он оказался на "Элизиуме". Рядом он видит такого же "амнезийного" лейтенанта Пейтона. Они не могут выйти на связь с экипажем корабля и пилотами. Скорее всего, герои страдают "синдромом Пандорума". От длительного пребывания на борту космического корабля могут случаться приступы паранойи, галлюцинаций и девиантного поведения. Бауэр копается в реакторе корабля и обнаруживает неисправности. Бауэр встречает членов экипажа, один из них начинает рассказывать о случившемся. Так картина событий постепенно начинает восстанавливаться. Если верить словам Леланда, то планета Земля уничтожена, и они последние представители человеческой цивилизации...