Бывший морской пехотинец Джейк Салли полностью отступился от своей родной планеты Земля, которая угрожает самому существованию народа нави на планете Пандора, он переселился в аватар и пути назад для него уже нет. Теперь он, во главе народа нави, готовится защищать свой новый дом и обретенную любовь, жительницу Пандоры дочь вождя Нейтири, от земной угрозы. За прошедшее время у Джейка и Нейтири родились двое сыновей и дочь, в фильме они в подростковом возрасте.
В сиквеле возрождаются два погибших персонажа фильма «Аватар» 2009 года – душа Грейс сохранилась в Древе Душ, а тело она обрела в новом аватаре, и каким-то чудесным образом оказался воскрешенным главный враг пандорян полковник Майлз Куоритч. Пандору, два клана ее обитателей, клан жителей леса Оматикайя и клан обитателей морского рифа Меткайина, пытается покорить группа земных бизнесменов, нанявшая вооруженных до зубов спецназовцев для выполнения особого задания. Действие происходит как на суше, так и в подводном мире Пандоры, в толще океана.