И снова загадочные заговорщики наносят удар немногочисленным искателям Истины. Скалли заставляют уйти в отставку, забирают служебное удостоверение, но что гораздо важнее, уникальные материалы, которые до сих пор были доступны только на диктофонній кассете. Чуть позже выясняется, что исходная кассета также похищена таинственными людьми в черных костюмах. Фокса опять чуть не убили во время взрыва, но каким-то чудом он выжил, хотя в очередной раз у него были странные видения, в которых отец и таинственный Глубокая Глотка просили агента ни в коем случае не прекращать свои исследования. Курильщик пока делает вид, что кассета при нем, но похоже, членам синдиката хорошо известно, что это не так. Истина, как всегда, где-то рядом, главное, не получить ножом в печень, в попытках ее отыскать.

Четвертый сезон детективного сериала под названием "Секретные материалы" будет продолжать рассказывать о расследовании, в которых будут участвовать главные герои: детективы Скалли и Малдер. Постоянные разногласия, кажется, наоборот помогают им преодолеть все внутренние трудности и недоразумения и вот, кажется, что они уже довольно неплохо справляются с расследованием дел, которые окутаны паранормальными явлениями, а также преступлений, в которых есть вампиры, пришельцы и другие представители непонятных явлений ...