Основная сюжетная линия происходит вокруг Нео, что прячется под псевдонимом, обычным именем – Томас. Прошло много лет с событий, что перевернули жизнь парня и изменили её навсегда. Но сейчас его продолжают терзать сомнения о победе над Матрицей – искусственным миром, что создаётся в головах людей, инициируя реальность, подстраивая под желания системы. У мужчин регулярно проявляются ночные кошмары, видения, не дающие спать, он обращается с навязчивыми мыслями к специалисту, но не находит ответа.

Чтобы не сойти с ума, Нео постоянно употребляет синие таблетки, что позволяют уйти от настоящей реальности и не задумываться о патогенном влиянии искусственного интеллекта. Но рано или поздно должен был случиться этот момент: появляются люди, что хотят рассказать правду, парень следует за ними в поисках новой борьбы и поиска настоящей реальности.